Надо посмотреть есть ли люфт в подшипниках педалей, да ещё если они металлические, то возможен звонкий стук, если пластмассовые, то глухой, при прокате под нагрузкой у меня тоже что то щёлкает, я подозреваю педали. Паша прав, надо заметить, если щёлкает с периодичностью каденса - то надо смотреть каретку и педали, если с частотой вращения колеса- то кассету, подшипники колеса, да, еще возможен хруст в роликах заднего переклюка.